《条例》要求从源头准入、过程监管到调查评估等环节强化部门之间的监管合力。《条例》规定，生态环境主管部门应当会同有关部门建立健全水环境质量和污染源监测预警体系，加强对重点污染源、重点河流断面、饮用水水源地、地下水、水功能区等的监测、预警和监督管理；生态环境、发改、资源规划、水行政、农业等部门应当在公益诉讼中与检察机关建立以信息共享、情况通报、线索移送、调查取证为主要内容的水环境保护协作配合机制，有效处置水环境保护中的违法行为。
